Com o advento da Lei nº 5.010, de 30 de maio de 1966, que fez ressurgir a Justiça Federal de Primeira Instância, foi implantada a Seção Judiciária de Alagoas, em 2 de maio de 1967, quando assumiram seus cargos os dois primeiros magistrados federais.
Os dois primeiros juízes federais nomeados foram:
- Dr. Carlos Gomes de Barros (falecido)
- Dr. Pedro da Rocha Acioli (ministro aposentado do Superior Tribunal de Justiça), titular e substituto respectivamente.
Para a implantação da Justiça Federal em Alagoas (JFAL), o Governo do Estado cedeu temporariamente o salão nobre do Teatro Deodoro, situado à Praça Marechal Deodoro da Fonseca, s/nº, onde, efetivamente, no dia 2 de maio de 1967, foi instalada a Seção Judiciária de Alagoas. Naquele ano, foram nomeados os primeiros servidores do quadro da Justiça Federal, num total de 11, e a primeira Diretora de Secretaria, Leonita de Melo Rêgo. No primeiro ano de funcionamento da Justiça Federal em Alagoas, tramitavam 227 processos.
No velho casarão do Teatro Deodoro, a Seção Judiciária de Alagoas funcionou até 22 de janeiro de 1969. Aos 23 dias do mês, a sede foi transferida para um prédio adquirido por meio de compra, situado à Rua Libertadora Alagoana, 56, Centro, tornando-se assim a primeira sede própria da Justiça Federal em Alagoas. Recebeu a denominação de Fórum Desembargador Augusto Galvão, em homenagem ao desembargador do Tribunal de Justiça de Alagoas, alagoano, já falecido à época. O evento foi presidido pelo ministro do Tribunal Federal de Recursos, Djalma Tavares Cunha Melo.
No mesmo prédio, em pavimento inferior ao térreo ocupado pela Justiça Federal, passou a funcionar a Procuradoria da República em Alagoas. A Seção Judiciária permaneceu sob a direção do juiz Carlos Gomes até seu falecimento ocorrido em 25 de outubro de 1973, quando o juiz Pedro da Rocha Acioli assumiu a titularidade, acumulando as funções de integrante do Tribunal Regional Eleitoral e de Diretor do Foro, até junho de 1980, quando o magistrado foi promovido ao cargo de ministro do Tribunal Federal de Recursos, sendo então substituído por João Batista de Oliveira Rocha.
Somente após a promoção do juiz Pedro da Rocha Acioli, a Seção de Alagoas voltou a contar com dois juízes, o diretor do foro e Murat Valadares, ambos egressos do Estado de Minas Gerais. Em maio de 1981, a Procuradoria da República deixou o prédio da Rua Libertadora Alagoana, ao adquirir sede própria situada na Praça Visconde de Sinimbu, 105, e a Justiça Federal passou a ocupar o local inteiramente.
Em julho de 1983, com a remoção do juiz federal João Batista de Oliveira Rocha para a 5ª Vara da Seção Judiciária do Rio de Janeiro, assumiu o cargo de Diretor do Foro, o juiz Murat Valadares até janeiro de 1984, quando foi removido para Brasília.
Com a remoção, passou a dirigir a Seção Judiciária de Alagoas, o juiz federal baiano, Francisco Wildo de Lacerda Dantas. Em 10 de junho de 1985, na gestão do juiz Francisco Wildo, é instalada a 2ª Vara da Justiça Federal em Alagoas, assumida pelo sergipano Vladimir de Souza Carvalho, em solenidade presidida pelo ministro Pedro da Rocha Acioli. Em dezembro de 1987, o juiz Vladimir é removido para Sergipe, tendo dirigido a Seção no período.
Assume então a titularidade da 2ª Vara, o juiz federal alagoano Paulo Roberto de Oliveira Lima e retorna a Direção do Foro, o juiz federal Francisco Wildo. Na gestão do juiz Vladimir é iniciada a construção da sede própria da Justiça Federal em Alagoas, com pedra fundamental lançada em dezembro de 1987. Após dois anos de obras, foi inaugurado o novo prédio em 26 de maio de 1989, situada na Rua Tabajara, 79, Poço, na gestão do então Diretor do Foro, Francisco Wildo, com a presença do presidente do Conselho da Justiça Federal, ministro Gueiros Leite, e do vice-presidente, ministro Washington Bolívar. A solenidade foi presidida pelo então presidente do Tribunal Regional Federal da 5ª Região, desembargador Ridalvo Costa.
O novo prédio da JFAL foi denominado Fórum Juiz Carlos Gomes de Barros, em homenagem ao primeiro juiz e fundador. Em setembro de 1989, foram instaladas mais duas Varas Federais, passando assim a contar com quatro juízes, além de Francisco Wildo e Paulo Roberto, com os magistrados goianos, Jamil Rosa de Jesus e Gilson Barbosa dos Santos.
Com a remoção dos dois juízes federais, a Seção Judiciária de Alagoas recebeu os magistrados federais Sebastião Vasques de Moraes, paulista de nascimento, na condição de titular da 4ª, e Paulo Machado Cordeiro, baiano, como juiz da 3ª Vara.
A sede atual e definitiva da Justiça Federal em Alagoas foi inaugurada no dia 1º de março de 1999, em prédio próprio construído a partir de uma obra paralisada e inacabada, que seria o Hospital Geral do Estado. Por meio de permuta, o Governo do Estado cedeu o espaço para a Justiça Federal, na Avenida Menino Marcelo, na Serraria, e ficou com o prédio do Salgadinho, onde instalou o Ministério Público Estadual.
Em maio de 1999, foi implantada a 5ª Vara, privativa das execuções fiscais. Em dezembro de 2003, a 6ª Vara, com a criação do Juizado Especial Federal.
A 7ª Vara foi criada em abril de 2004 e a 8ª Vara em fevereiro de 2005, quando foi iniciado, portanto, o processo de interiorização da Justiça Federal em Alagoas.
A 9ª Vara Federal - Juizado Especial Federal -, só foi implantada seis anos depois da 8ª Vara, em abril de 2011, na sede da JFAL em Maceió.
No ano seguinte, em março de 2012, foram inauguradas a 10ª Vara Federal 0 Juizado Especial Federal 0 na Subseção de Arapiraca, e 11ª Vara Federal, de competência mista, na Subseção Judiciária de Santana do Ipanema.
Em março de 2013 foram instaladas a 13ª Vara Federal, de competência comum, além da 14ª Vara - Juizado Especial Federal -, ambas na sede da JFAL em Maceió.
Por último foi implantada a 12ª Vara Federal, de competência comum, na Subseção Judiciária de Arapiraca, completando 14 varas. Esta última teve a competência alterada para Juizado Especial Federal, por força da Resolução Pleno nº 12, de 27 de julho de 2022. Desde a criação, o número de juízes federais quadruplicou, crescendo também o número de servidores na JFAL.